HRZZ-MitoReg

Regulacija mitofagije posredovane receptorom u stanicama eritroidne loze - MitoReg

(Istraživački projekt)

Voditeljica projekta: prof. dr. sc. Ivana Novak Nakir

Trajanje projekta: 13.09.2021.- 12.02.2026.

Suradnici na projektu:
Prof. Jörn Dengjel, PhD, University of Fribourg, Švicarska
Dr. sc. Vladimir Rogov, Goethe University, Frankfurt am Main, Njemačka
Prof. dr. sc. Irena Drmić Hofman, Sveučilište u Splitu, Medicinski fakultet i Sveučilišni odjel zdravstvenih studija, Split, Hrvatska
Doc. dr. sc. Marko Žarak, mag. spec.med. biochem. lab. med, Klinička bolnica Dubrava, Zagreb, Croatia

Poslijedoktorand:
dr. sc. Mija Marinković (do studenog 2023.)

Doktorand:
mag. chem. Ana Rožić (HRZZ  DOK-2021-02-4248)
mag. biol. mol. Tina Domjanović (NPOO-DOK-2023-10-8890)

Sažetak:

Održavanje kvalitete mitohondrija i homeostaze u stanici ovisno je o mitofagiji, specijaliziranom obliku autofagije kojom se selektivno uklanjaju mitohondriji. Za ovaj bazični stanični process uklanjanja oštećenih ili nepotrebnih mitohondrija potrebna su dva ključna događaja: aktivacija mehanizma autofagije i obilježavanje mitohondrija za razgradnju. Obilježavanje mitohondrija, koji će se razgrađivati, ostvaruje se ili PINK1-PARKIN putem ili putem receptora mitofagije. Receptorom posredovana mitofagija naročito je proučavana u retikulocitima u kojima je nužna za sazrijevanje u eritrocite te u stanicama retine. Za oba diferencijacijska slučaja nužno je ostvariti vezu između receptora mitofagije NIX i proteina LC3/GABARAP koji su sastavni dio autofagosomalne vezikule za razgradnju. U fokusu ovog istraživanja je proučavanje mehanizama mitofagije, s naglaskom na mitofagiju posredovanu receptorom u stanicama eritroidne loze kako bismo što bolje razumjeli terminalnu diferencijaciju eritrocita. Naši dosadašnji rezultati pokazuju da su fosforilacija i dimerizacija receptora NIX ključne za njegovu aktivaciju, a time i pokretanje mitofagije. Ovim projektom detaljno ćemo analizirati proteinske interakcije kinaza i fosfataza receptora NIX identificiranih u laboratoriju te razjasniti njihovo djelovanje u stanicama koristeći se biokemijskim metodama i metodama molekularne i stanične biologije. Nadalje, istražit ćemo i nove interaktore receptora NIX i drugih receptora mitofagije s naglaskom na mitohondrijske proteine masenom spektrometrijom, kako bismo odgonetnuli signalne puteve koji pokreću mitofagiju. Finalno, analizom statusa autofagije i mitofagije u stanicama koštane srži pacijenata s mijeloproliferativnom bolesti policitemija vera metodama qPCR, western blota i protočne citometrije pokušat ćemo odgonetnuti moguću ulogu ovih procesa u nastajanju bolesti čime bi se otvorio put razumijevanju uloge autofagije u abnormalnoj diferencijaciji eritroidnih stanica.

Novosti:

- Radni sastanak s dr. sc. Vladimirom Rogovim (Goethe University, Frankfurt, Germany) u Splitu

      

- Prof. dr. sc. Ivana Novak Nakir dobitnica je Godišnje državne nagrade za znanost za 2021. godinu.




- Dr. sc. Mija Marinković dobitnica je Godišnje nagrade Hrvatskog društva za biokemiju i molekularnu biologiju (HDBMB) za mlade znanstvenike za 2021. godinu. 



- Dr. sc. Mija Marinković dobitnica je Nagrade za najbolji znanstveni rad objavljen u akademskoj godini 2020./2021. Medicinskog fakulteta u Splitu. 




- Dr. sc. Mija Marinković dobitnica je Nagrade za znanost za 2021. godinu u kategoriji mladi znanstvenici koju dodjeljuje Sveučilište u Splitu. 




Publikacije proizašle iz projekta:

A brief overview of BNIP3L/NIX receptor-mediated mitophagy. Marinković M. and Novak I. 2021. FEBS Open Bio IF: 2.6

Sudjelovanje na znanstvenim konferencijama:

- Sudjelovanje na domaćoj konferenciji "CROSCIENCE2024", Rijeka, Hrvatska, 27. i 28.09.2024. (prof. dr. sc. Ivana Novak Nakir organizatorica simpozija)

- Sudjelovanje na međunarodnoj konferenciji "EMBO Autophagy across scales", Sorrento, Italija, 23.09.-27.09.2024. (prof. dr. sc. Ivana Novak Nakir - poster, flash prezentacija, predsjedavajuća sekcije Selective autophagy)

- Sudjelovanje na međunarodnoj konferenciji "Proteocure 3rd Annual meeting", Varšava, Poljska, 07.05.-10.05.2024. (prof. dr. sc. Ivana Novak Nakir - poster, flash prezentacija predsjedavajuća sekcije Targeting mitochondria)

- Sudjelovanje na međunarodnoj konferenciji "Women in Autophagy - 4th Annual Symposium Webinar", online, 26.10.-27.10.2023. (dr. sc. Mija Marinković - poster; Ana Rožić - poster)

- Sudjelovanje na međunarodnoj konferenciji "EMBO Workshop: Inter-organelle contacts biology", Fiuggi, Italija, 01.10-06.10.2023. (Ana Rožić - poster; stipendija)

 - Sudjelovanje na međunarodnoj konferenciji "15th Meeting of Slovenian Biochemical Society", Portorož, Slovenija, 20.09-23.09.2023. (dr. sc. Mija Marinković - pozvano predavanje)

 - Sudjelovanje na međunarodnoj konferenciji "FEBS2023", Tours, Francuska, 08.07-12.07.2023. (prof. dr. sc. Ivana Novak Nakir - pozvano predavanje)

 - Sudjelovanje na međunarodnoj konferenciji "Proteocure 2nd Annual meeting", Zagreb, Croatia, 12.06.-15.06.2023. (dr. sc. Mija Marinković i Ana Rožić - poster prezentacija; prof. dr. sc. Ivana Novak Nakir- član znanstvenog odbora konferencije), video
 
 - Sudjelovanje na međunarodnoj konferenciji "HDBMB2022 - From Science to Knowledge", Brela, Hrvatska, 28.09.-01.10.2022. (dr. sc. Mija Marinković - pozvano predavanje; prof. dr. sc. Ivana Novak Nakir- član znanstvenog odbora konferencije)

 - Sudjelovanje na međunarodnoj konferenciji "Women Who Are Changing Science - Driving Bold Research in Canada and Croatia", Zagreb i Split, Hrvatska, 12.-14..09.2022. (prof. dr. sc. Ivana Novak Nakir - pozvano predavanje)
​
 - Sudjelovanje na međunarodnoj konferenciji "IUBMB-FEBS-PABMB The Biochemistry Global Summit 2022", Lisabon, Portugal, 09.07.-14.07.2022. (dr. sc. Mija Marinković - poster prezentacija i short talk)

 - Sudjelovanje na međunarodnoj konferenciji "Integrating the molecular, mechanistic and physiological diversity of autophagy", Eger, Mađarska, 27.06.-01.07.2022. (prof. Ivana Novak Nakir - poster prezentacija i flash talk)

- Sudjelovanje na međunarodnoj konferenciji "Women in Autophagy - 2nd Annual Symposium Webinar", online, 22-11.-23.11.2021. (dr. sc. Mija Marinković - poster prezentacija)

Projekt u medijima:

- Radio Split - 19.12.2022.  - prof. dr. sc. Ivana Novak Nakir 
- Glasnik Medicinskog fakulteta u Splitu - prosinac 2022. 
- "Oko znanosti" - Žene u znanosti, HR1, 14.09.2022. - prof. dr. sc. Ivana Novak Nakir 
- "Drag mi je Platon" , HR1, 30.09.2022. (minutaža: od 17:28 do 18:21) - dr. sc. Mija Marinković
- Konferencija "Women who are changing science - Driving bold research in Canada and Croatia" - NL, Universitas Portal, UNIST

The role of autophagy receptors in selective removal of mitochondria - AutoMito

(Uspostavni istraživački projekt)

    

Voditeljica projekta: prof. dr. sc. Ivana Novak Nakir

Trajanje projekta: 01.03.2015.- 30.09.2018.

Suradnici na projektu:
prof. dr. sc. Ivan Đikić, Goethe University School of Medicine, Frankfurt am Main, Germany
dr. sc. Nathan Brady, German Cancer Research Center (DKFZ) and Bioquant, Heidelberg, Germany

Doktorand: 
mag. mol. biol. Mija Marinković (upisana na poslijediplomski studij Biologija novotvorina na Medicinskom fakultetu u Splitu)

Poslijedoktorand:
dr.sc. Maja Buljubašić (od 01.07.2015.-09.12.2017.)

Sažetak:
Autofagija je proces razgradnje staničnih dijelova kako bi se održala ravnoteža i zdravlje stanica. Nedostatnosti autofagije očituju se u nastanku mnogih patoloških stanja. Ključnu ulogu u mitofagiji, uklanjanju oštećenih ili suvišnih mitohondrija, igraju receptori autofagije koji sudjeluju u dovođenju autofagijskih membrana na takve mitohondrije kako bi došlo do njihove razgradnje. Molekularni mehanizmi selektivnog odabira mitohondrija još uvijek nisu poznati stoga projektom želimo objasniti moguće mehanizme regulacije mitofagije s naglaskom na fosforilaciju i dimerizaciju receptora. Pokušavamo odgovoriti kako ovi fenomeni utječu na pokretanje mašinerije za autofagiju kako bi se uklonili mitohondriji, koji enzimi dovode do fosforilacije i defosforilacije receptora, jesu li su ovi mehanizmi neovisni te koja je uloga receptora u apoptozi i mitofagiji te nastanku i razvoju tumora.

Publikacije proizašle iz projekta:

1. Dimerization of mitophagy receptor BNIP3L/NIX is essential for recruitment of autophagic machinery. Marinković M, Šprung M and Novak I, Autophagy, 2021. April. IF: 16.016

2. Autophagy modulation in cancer: current knowledge on action and therapy. Marinković M, Šprung M, Buljubašić M and Novak I, Oxidative Medicine and Cellular Longevity, 2018. Jan. IF: 4.868 

3. Phosphorylation of the mitochondrial autophagy receptor Nix enhances its interaction with LC3 proteins.
Rogov VV, Suzuki H, Marinković M, Lang V, Kato R, Kawasaki M, Buljubašić M, Šprung M, Rogova N, Wakatsuki S, Hamacher-Brady A, Dötsch V, Dikic I, Brady NR, Novak I. Sci Rep. April 2017. IF: 4.116

4. Flow Cytometer Monitoring of Bnip3- and Bnip3L/Nix-Dependent Mitophagy.
Šprung M, Dikic I, Novak I. Methods Mol Biol. 2017 Mar

Sudjelovanje voditeljice na međunarodnim konferencijama:

1.Sudjelovanje na međunarodnoj konferenciji "FEBS3+ From molecules to living systems. Siofok, Mađarska. 02.-05.09.2018. Pozvano predavanje.

2. Sudjelovanje na međunarodnoj konferenciji "83rd Harden Conference Autophagy - from Molecules to Disease II". Warwickshire, UK, 03.-07. 06. 2018. Pozvano predavanje.

3. Sudjelovanje na međunarodnoj konferenciji "EMBO Autophagy - From molecular principles to human diseases". Cavtat, Hrvatska. 25.-29. 09. 2017. Abstract: Regulation of Bnip3L/Nix mitophagy receptor by phosphorylation and dimerization". Mija Marinković, Maja Buljubašić, Matilda Šprung, Vladimir Rogov, Anne Hamacher-Brady, Nathan Brady, Volker Dötsch, Ivan Dikic, Ivana Novak. 

4. Sudjelovanje na međunarodnoj konferenciji "Transautophagy Annual Meeting". Varšava, Poljska. 06.-07.10. 2016. Pozvano predavanje.

5. Sudjelovanje na međunarodnoj konferenciji "Protein Signaling - from pathways to networks", Kopenhagen, Danska. 02.-06.10.2016. Poster prezentacija.

6. Sudjelovanje na međunarodnoj konferenciji "HDMBM Congress - On occasion of the 40th Anniversary", Split, Hrvatska. 01.-04.06.2016. Predavanje i poster prezentacija. 

7. Sudjelovanje na međunarodnoj konferenciji "EMBO - Autophagy signalling and progression in health and disease", Chia, Italija. 09.-12.09.2015. Poster prezentacija.

 

Projekt i voditeljica u medijima:
1. Glasnik Medicinskog fakulteta u Splitu (rujan 2020)
2. Jutarnji list (Srpanj 2020)
3. Slobodna dalmacija - o publikaciji u časopisu Autophagy (Svibanj 2020)
4. Index.hr - o publikaciji u časopisu Autophagy (Travanj 2020)
5. Jutarnji list -  o publikaciji u časopisu Autophagy (Travanj 2020)
6. HRT, Treći element - Čišćenje stanice (Listopad 2016, S3E03)
7. HR, Oko znanosti (Listopad 2016)
8. HRT, Znanstveni krugovi (Studeni 2016)


Ostala predavanja voditeljice:
1. Nobel na Ruđeru - medicina, Institut Ruđer Bošković, Zagreb, 21.10.2016.
2. Prirodoslovno-matematički fakultet u Splitu, Split, 23.11.2016.
3. Seminar Hrvatskog društva za biokemiju i molekularnu biologiju, Split. 06.02.2018.
4. Inter-organelle communication and neurodegeneration, Mini Symposium, Medils, Split. 25.-28.03.2018. 
5. "Praktična znanja za studente" - studentska konferencija s međunarodnim sudjelovanjem. Medicinski fakultet u Splitu, Split. 06.-08.04.2018.
6. Predstavljanje HRZZ Tenue Track Pilot programa. HAZU, Zagreb. 15.05.2018.

 

Sudjelovanje doktorandice Mije Marinković na međunarodnim konferencijama i radionicama: 6. Gordon Research Seminars: Autophagy in Stress, Development and Disease - poster prezentacija. Barga, Italija. 17.-18.03.2018.
7. Gordon Research Conference: Autophagy in Stress, Development and Disease - usmeno izlaganje. Barga, Italija. 18.-23.03.2018. 
8. Applications of Cell-Based Luciferase Reporter Assays. PMFST, Split. 26.04.2018.
9. Flow Cytometry Mini Congress and S32TM Cell Sorter radionica, Medils, Split. 09.-10.05.2018.
10. Konferencija "FEBS3+ From molecules to living systems. - poster prezentacija. Siofok, Mađarska. 02.-05.09.2018. 

 

Sudjelovanje poslijedoktorandice Maje Buljubašić na međunarodnim konferencijama i radionicama:

1. Sudjelovanje na međunarodnoj konferenciji "HDMBM Congress - On occasion of the 40th Anniversary", Poster prezentacija. Split, Hrvatska. 01.-04.06.2016.
2. Radionica "Protein expression, purification and characterization - PEPC10", EMBL Hamburg, Njemačka. 11.-20-09.2016.
3. Sudjelovanje na međunarodnoj konferenciji "EMBO Autophagy - From molecular principles to human diseases". Cavtat, Hrvatska. 25.-29. 09. 2017.

 

  Ispiši stranicu